Cronológicamente, la película se encuentra situada después de la huida de Sasuke con Orochimaru.
La película empieza con una batalla en una playa de la costa desolada del País del Viento y unos soldados que llevan armaduras oscuras. A pesar de sus esfuerzos, los ninjas de la Aldea Oculta de la Arena no pueden con el enemigo. La oportuna llegada Kankuro y Gaara iguala la batalla y consiguen hacer retrocer a los soldados hacia un bunker enorme que tenían en el mar.
Después de la batalla, aparecen Naruto, Shikamaru y Sakura intentando atrapar a un hurón doméstico. Sin embargo, cuando se dirigen al punto de entrega, se cruzan con los mismos soldados de la batalla de la playa y con un caballero misterioso llamado Temujin. Aquí es donde Naruto se separa de sus compañeros tras una dura batalla…
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