Los personajes principales son Mikiya Kokutō quien queda intrigado por la misteriosa serie de muertes violentas que ocurren en su ciudad, y Shiki Ryogi, una hermosa pero poco sociable chica. Mientras Mikiya trata de estar más cerca de Shiki, se da cuenta de que Shiki está conectada a las misteriosas muertes y que las fuerzas sobrenaturales que participan en ambos podrían matarlo. Se revela que en la familia de Shiki, ciertos miembros poseen dos personalidades distintas, ambas conscientes la una de la otra, pero que poseen diferentes cualidades. La doble conciencia, y la crianza de Shiki como un cazador de demonios, ha causado que rechazara a otros seres humanos.
Sin embargo, al conocer a Mikiya, encuentra poco a poco la felicidad a través de su relación y un cisma se desarrolla entre sus dos personalidades. Como resultado, termina en un accidente de tráfico que la dejó en coma durante dos años. Cuando se despierta, ella se encuentra incapaz de conectar sus últimos recuerdos de su identidad actual. Reunida con Mikiya, ahora empleado como investigador para Toko Aozaki, Shiki asiste a la agencia de detectives de Toko, Garan no Dou, siempre que se requiera el combate, mientras que luchan para llegar a un acuerdo con su identidad.
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